本中心目標是在過去已累積的研究基礎上，透過更深入整合的研究，建立具特色能永續發展的登革病毒/腸病毒/肝炎病毒/細菌研究團隊，目標涵蓋針對登革病毒和腸病毒臨床和基礎研究及疫苗藥物之研發，剖析南台灣登革熱和腸病毒流行病學上之特點並提升醫療照顧效益，並積極培育新世代對於登革病毒/腸病毒/肝炎病毒/細菌具有熱忱的研究和防疫人才。最重要的是基於我們對於新興傳染性疾病的了解，建立東亞卓越國際登革熱防疫研究平台，為將來可能再度爆發的疫情提供防疫策略，預作防範和準備。