傳染性疾病為人類最盛行的疾病，新興傳染性疾病更對社會造成重大衝擊，各國都加強防治。臺灣雖然在防治及臨床治療上已有良好的成果，但對傳染性疾病的研究仍零亂地散布在各學術單位，有必要建立一個研發中心，解決臺灣面臨的重要新興傳染性疾病。

成功大學傳染性疾病研究群過去在腸病毒71型研究領先全球，貢獻腸病毒71型的治療；在登革病毒研究也有卓越的表現，提出新 穎的免疫致病機制理論，更有傑出的致癌基因及訊息傳遞研究團隊。「傳染性疾病及訊息研究中心」即是整合此二團隊，針對國內重要的傳染性疾病腸病毒71型、 登革病毒，以及病毒引起的癌症做整合及基礎性的研究。包含四個子計畫，目標是使腸病毒及登革病毒的研究領先亞洲及全世界，並從事疫苗及藥物的研發； 同時探討幾種病毒與癌症發生的機制，作為新穎藥物研發的基石；研究微生物相及細菌感染致病機製，建立整合的教學及研究平臺，培養專業人才，從事感染症的防治。也將協助產業建構傳染病研究的垂直整合鏈，成為世界頂尖的傳染性疾病研究中心。

為因應全球化潮流下各種傳染性疾病之快速發展及散播，培植國內相關疾病的研究能量，本中心整合原成大傳染性疾病研究團隊、基因及訊息傳遞研究團隊，針對國內重要的傳染性疾病及病毒引起的癌症做整合及基礎性的研究，希望能降低傳染性疾病對國人健康的威脅。同時，本中心亦積極地透過國際研究合作，致力於人才培育以期建立穩固的基礎研究能量，也將以創新的學術研究成果，在特定領域對傳染性疾病的醫療品質提出貢獻。

成功大學傳染性疾病及訊息研究中心的願景為期許成為亞洲頂尖的傳染病研究中心，對社會責任和教育、生物技術發展及臨床應用有所貢獻。因此，本中心以建設特色研究為主要目標，所以研究主題以在台灣常見的新興感染症病毒為主要研究，著重於登革病毒、腸病毒、肝炎病毒及細菌與宿主之訊息傳遞之統整。